Kolla med en annan firewirekabel, utifall att det är något sånt. Kolla även om iPoden funkar på en annan Mac för att utesluta något fel med iPoden.
Funkar det inte med annan firewirekabel, men funkar på en annan dator, så kan man misstänka firewireporten på din dator eller operativsystemet.
Prova också att skapa en ny användare och se om problemet består (om det är mjukvara) och även kolla i Mac OS 9.
Jag slänger ur mig lite olika förslag eftersom det är svårt att veta vad felet kan vara.
Om programuppdateraren tjatar om version 1.2.1 så undrar jag om du uppdaterat OS X till helt senaste versionen (dvs 10.2.4) med alla säkerhetsuppdateringar osv. Jag har för mig att uppdateringarna kommer oavsett om man har en iPod eller inte inkopplad under de olika uppdateringssteg som OS X har innan den är "färdig".