Hade samma problem efter att Azureus försökte skriva till en extern disk som var bortkopplad vid tillfället.
Det som händer är att en mapp skapas. Lokalisera den i Terminalen (har du ju redan gjort.) Tag bort den med valfria kommandon:
rm files
Remove (erase) file(s).
rm -r names
Remove files, directories, and recursively, any subdirectories.
rmdir directory
Remove directory (directory must be empty).
Innan du gör detta, starta programmet som skapade mappen och ändra i programinställningarna så du slipper problemet med ny mapp så fort du startar programmet igen.
Ungefär samma sak som Laseranders skrev. Hoppas det löser sig.