IMAP betyder att all mail hålls på servern, POP betyder att du laddar ner mailen till enheten.
I bägge fallen kan man ha lite olika alternativ för hur mail ska raderas och när. Servern kan ha sina egna inställningar, och mail (iaf på OSX) kan man ställa in att mailen ska raderas efter en tid från servern och inte genast när man använder POP.
Själv har jag IMAP på samtliga, plus en extra POP på datorn som jag kallar backup. Till den markeras all mail som redan läst. Den ska enbart fungera som backup, ifall det skulle strula sig med servern, eller vid server byte.