Varför har du en (eller flera) mappar med samma information? Och dessutom behöver veta om du ska jobba i den ena eller andra mappen? För mig låter det som manuell fattigmans-versionshantering. Om så är fallet rekommenderar jag dig att omgående köra med vanlig versionshantering. Om inte annat så sover du bättre...
Berätta lite mer så kanske vi andra kan komma med något som passar. För annars säger jag Subversion, Git.