Är inte skitbra på linux, men en del har man väl hållt på med det. Kör själv med Mandrake 10 och Gnome 2.4, föredrar det framför Fedora och framför allt KDE.
För att få ordning på menyn så borde gå att högerklicka på ikonen i menyn och välja ta bort. Naturligtvis så kan ju också välja att avinstallera de program som man inte behöver (under menyn Systeminställningar tror jag, lägg till/ta bort program).
Om det är något program som skall starta automatiskt så finns det en dold mapp i hemmakatalogen som heter något med .autostart eller liknande.