Jag tror inte det gått att ha den "i-bakgrunden-rutan" synlig i helskärmsläge i de senaste versionerna av OS X. Men det finns en väg runt det om man inte använder systemets inbyggda helskärmsläge. Använd till exempel VLC, kopiera videons url från Youtube och klistra in i VLC - Öppna nätverk. Dessförinnan ska du ha öppnat VLC:s inställningar > Gränssnitt och kryssa ur rutan "Använd systemets helskärmsläge"
Skype beter sig nog bara som program ska bete sig i El Capitans helskärmsläge. Det fungerar till exempel med Split View (tryck länge på gröna pricken). Det kan ju vara praktiskt vid videosamtal.