Detta är en teori, en av många möjliga, så ta den för just det:
OM, det är så att scripten byts ut då InDesign körs skulle jag kunna tänka mig att ungefär följande händer:
Då en fil kopieras i OS tilldelas den ett tillfälligt id och när först när kopieringen är klar tas den gamla filen bort, och den nya filen läggs på den tidigare filens plats. OM det är så att InDesign gör någon form av kontroll av vilka script som finns tillgängliga med någon typ av intervaller och då märker att filen saknas är det inte orimligt att kortkommandot försvinner. Om InDesign har någon form av index (dvs numrering) som används för att referera till scripten skulle det kunna förklara varför även andra script påverkas.
Precs som Mattias säger finns en liknande problematik om/när man ändrar pluginuppsättning.
