Jag svarar mig själv då jag tror jag löst problemet. Ljudet är inte mutat efter omstart nu iaf.
.plist filerna i /Mac HD/Library/Preferences/Audio återskapades ej efter att jag tagit bort dem.
Jag raderade då Audiomappen och återskapade den från terminalen:
sudo mkdir /Library/Preferences/Audio
sedan satt jag rättigheterna rätt:
sudo chown -R _coreaudiod:admin /Library/Preferences/Audio
Efter en omstart fungerade det som det skulle igen.