Du kan göra en export av ena siten till SQL-fil. Redigera den och lägg in prefix i alla tabellreferenser.
Importera den sedan, så har du två uppsättningar av alla tabeller i en databas. En per site, prefixet skiljer dem åt.
Tag sedan och ändra i config.php-filen, i den står prefix, sökväg, databas, tabellnamn, user, pass osv.