Ja, jag har liknande problem, men för mig är det DN som spökar. Jag trodde det kunde ha att göra med att jag kör Privoxy, men anger jag direktlänken till ikonen laddas den hem utan problem. Den syns annars varken i adressfältet eller bland bokmärkena.
Edit: Hmm, den här gången fungerade det efter en borttagning av ~/Library/Safari/Icons/icon.db, det gjorde det inte tidigare – varken under 3.0.3 eller tidigare.