Om du inte märker något annat knasigt (fler underliga ljud och beteenden från själva datorn) så tror jag att du kan vara lugn - det är troligen hårddiskens läshuvud som byter position (förmodligen läggs i pausläge), det hörs olika mycket på olika diskar. Testa att föra över en fil mellan två diskar, eller t ex bränna en CD/DVD-skiva: dyker ljudet upp lika ofta då?