Min erfarenhet är att allt inte alls behöver försvinna, däremot skadas nästan alltid The directory/filstrukturen. Jag hade provat Drive 10 eller Diskwarrior innan jag gett upp. Jag har fixat sådana här fel med hjälp av dessa verktyg.
Ursäkta, såg nu att du kör OS 9, men det finns motsvarande verktyg för detta OS.