Som Kenjon redan påpekat, använd något kloningsverktyg i stället, typ CarbonCopyCloner eller SuperDuper.
Eller använd Unix-kommandon.
Att kopiera användar- och systemmappar manuellt i Finder är en inbjudan till behörighetsproblem - om inte vid själva kopieringen, så senare när mapparna ska användas.
Varför kopierar du de mapparna? Om det är i backup-syfte, så röstar jag återigen på kloningsprogrammen.