Det verkar som att det har fixat sig nu. Jag tog i med hårdhanskarna.
Jag slängde alla .plist filer som hette någonting med loginwindow, stängde av alla haxies såsom bytecontroller, geektools, Salling Clicker och MenuMeters. Tvångsavslutade loginwindow, startade om och sen fungerade det. Sen satte jag igång alla haxies en efter en med en omstart, för att kolla om det kom tillbaka men än så länge har det hållt sig.
Kanske lösningen kan hjälpa någon annan. Peace