Du behöver inte fysiskt skifta på hårddiskarna, det behövde inte jag med min G5:a iaf. Det räckte att starta som vanligt från hårddisk A, gå in i systeminställningar > Startskiva och välja Mac os-mappen på hårddisk B, spara och starta om. Sen kan man (efter att ha stängt av datorn så klart) byta ut/plocka ut/formatera hårddisk A om man känner för det, och låta B sitta kvar.
Kan det kanske ha hänt något när du bara bytte plats på hårddiskarna? Det borde väl egentligen inte ha gjort det, men man vet ju aldrig.