Nope, det måste det inte.
En polare installerade en MBP åt en bekant. Den personen skulle inte behöva hela HDD:n, så han partitionerade den, gömde den ena partitionen (så den inte syns på desktop) och lär TM backa up till den.
Som sagt, inte för att skydda från fysisk skada, utan för att han vet att personen i fråga är en klåpare som annars kommer råka radera saker. Samt att personen aldrig kommer att vara duktig nog att koppla in en extern tillräckligt ofta.
Så visst funkar det att köra TM på en annan partition men samma disk...