Visst, men de "plattas" inte till. Det som hände i ert fall är att ni sparar Illustrator-filer med PDF-kompabilitet, vilket innebär att PDF-filen förutom normala PDF-data också innehåller "Illustrator Private Data".
Alla verktyg som skriver om PDF-filen, inklusive Acrobat, rensar bort sådan "Private Data". Eller, uttryckt på ett annat vis: Endast Illustrator sparar Illustrator-data.
I Mattias fall har jag en bestämd uppfattning om att det rör sig om annonser och slikt, där PDF-filerna sedan länge strippats på Illustrator-data och annat, för tryckning, onödigt jox.